Основными противниками в данной игре являются мутанты — существа, мутировавшие из представителей городской фауны под воздействием радиации, химического и биологического оружия. Покрытые темной шерстью существа гораздо сильнее и крепче своих безволосых (бледных) сородичей. Упыри (англ. nosalises) — одни из самых первых монстров, встречающихся в игре (после пролога). Кикиморы (англ. lurkers) — быстрые и ловкие монстры, живущие в норах. Стражи (англ. guardians) — обитающие на поверхности мутанты. Библиотекари (англ. librarians) — встречаются только в библиотеке. Демоны (англ. demons) — крылатые монстры, обитающие только на поверхности. Лианы — свисающие с потолка живые растения. Амебы (англ. amoeba) — живые гранаты. Орложуки — помесь орла и жука. Эти ужасные монстры произошли из орлов, которые от голода клевали радиоактивных жуков и сильно мутировали, получив много черт последних. Самки упырей — крылатые существа. Неагрессивные противники — таковых в мире Метро всего три вида: Aномалия, Крысы и Призраки.
Кроме того, главному герою предстоит сражаться и с людьми, представляющими враждебные группировки. Как правило, столкновения будут происходить с военизированными группами различной численности.
